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Publication Details
AFRICAN RESEARCH NEXUS
SHINING A SPOTLIGHT ON AFRICAN RESEARCH
biochemistry, genetics and molecular biology
The first wave of the COVID-19 epidemic in Spain was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant
Nature Genetics, Volume 53, No. 10, Year 2021
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Description
The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has affected the world radically since 2020. Spain was one of the European countries with the highest incidence during the first wave. As a part of a consortium to monitor and study the evolution of the epidemic, we sequenced 2,170 samples, diagnosed mostly before lockdown measures. Here, we identified at least 500 introductions from multiple international sources and documented the early rise of two dominant Spanish epidemic clades (SECs), probably amplified by superspreading events. Both SECs were related closely to the initial Asian variants of SARS-CoV-2 and spread widely across Spain. We inferred a substantial reduction in the effective reproductive number of both SECs due to public-health interventions (Re < 1), also reflected in the replacement of SECs by a new variant over the summer of 2020. In summary, we reveal a notable difference in the initial genetic makeup of SARS-CoV-2 in Spain compared with other European countries and show evidence to support the effectiveness of lockdown measures in controlling virus spread, even for the most successful genetic variants. © 2021, The Author(s), under exclusive licence to Springer Nature America, Inc.
Authors & Co-Authors
López, Mariana G.
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
Chiner-Oms, Álvaro
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
García de Víedma, Darío
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias
Ruiz-Rodriguez, Paula
Spain, Madrid
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Bracho, Maria Alma
Spain, Valencia
Universitat de València
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Cancino-Muñoz, Irving
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
D'Auria, Giuseppe
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
de Marco, Griselda
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
Garcia-Gonzalez, Neris
Spain, Valencia
Universitat de València
Goig, Galo A.
Switzerland, Allschwil
Swiss Tropical and Public Health Institute Swiss Tph
Gómez-Navarro, Inmaculada
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
Jiménez-Serrano, Santiago
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
Martínez-Priego, Llúcia
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
Ruíz-Hueso, Paula
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
Ruiz-Roldán, Lidia
Spain, Valencia
Universitat de València
Torres-Puente, Manuela
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
Alberola, Juan
Spain, Valencia
Hospital Universitario Dr. Peset
Spain, Valencia
Universitat de València
Aranzamendi-Zaldumbide, Maitane
Spain, Baracaldo
Osakidetza, Cruces University Hospital
Spain, Baracaldo
Biocruces Bizkaia Instituto de Investigación Sanitaria
Boga, Jose A.
Spain, Oviedo
Hospital Universitario Central de Asturias
Spain, Oviedo
Instituto de Investigación Sanitaria Del Principado de Asturias
Bordoy, Antoni E.
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
de Toro, María
Spain, Logrono
Centro de Investigación Biomédica de la Rioja Cibir
del Pozo, José Luís
Spain, Pamplona
Universidad de Navarra
Duchêne, Sebastián
Australia, Melbourne
The Peter Doherty Institute for Infection and Immunity
Fernández-Pinero, Jovita
Spain, Madrid
Csic-inia - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria
Herranz, Marta P.
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias
Lepe, José A.
Spain, Sevilla
Hospital Universitario Virgen Del Rocío
López-Causapé, Carla
Spain, Palma
Hospital Universitario Son Espases
Martín, Vicente
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Leon
Universidad de León
Martró, E.
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Navarro-Marí, José María
Spain, Granada
Complejo Hospitalario Universitario de Granada
Not, Anna
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Oliver, A. Sheryl
Spain, Palma
Hospital Universitario Son Espases
Palop-Borrás, Begoña
Spain, Malaga
Hospital Regional Universitario Carlos Haya
Pérez-Lago, Laura
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Rabella, Núria
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Spain, Barcelona
Institut de Recerca Sant Pau ir Sant Pau
Spain, Cerdanyola Del Valles
Universitat Autònoma de Barcelona
Rezusta, A.
Spain, Zaragoza
Hospital Miguel Servet
Spain, Zaragoza
Instituto de Investigación Sanitaria Aragón Iisa
Spain, Zaragoza
Universidad de Zaragoza
Sicilia, Jon
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Soriano, Álex V.
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Catalán-Alonso, Pilar
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias
Muñoz, Patricia
Spain, Madrid
Hospital General Universitario Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Instituto de Investigación Sanitaria Gregorio Marañón
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias
Galan-Vendrell, Inmaculada
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
Carbó-Ramírez, Sandra
Spain, Valencia
Servicio de Secuenciación
Nogueira, José Miguel
Spain, Valencia
Hospital Universitario Dr. Peset
Spain, Valencia
Universitat de València
Camarena Miñana, Juan J.
Spain, Valencia
Hospital Universitario Dr. Peset
Spain, Valencia
Universitat de València
Castelló-Abietar, Cristián
Spain, Oviedo
Hospital Universitario Central de Asturias
Spain, Oviedo
Instituto de Investigación Sanitaria Del Principado de Asturias
Rojo-Alba, Susana
Spain, Oviedo
Hospital Universitario Central de Asturias
Spain, Oviedo
Instituto de Investigación Sanitaria Del Principado de Asturias
Álvarez-Argüelles, Marta Elena
Spain, Oviedo
Hospital Universitario Central de Asturias
Spain, Oviedo
Instituto de Investigación Sanitaria Del Principado de Asturias
Melón García, Santiago
Spain, Oviedo
Hospital Universitario Central de Asturias
Spain, Oviedo
Instituto de Investigación Sanitaria Del Principado de Asturias
Aguirre-Quiñonero, Amaia
Spain, Vitoria-gasteiz
Hospital Universitario Araba
Argüello, Héctor
Spain, Leon
Universidad de León
Aguilera, Antonio
Spain, Santiago de Compostela
Hospital Clínico Universitario de Santiago
Fernández Alonso, Mirian
Spain, Pamplona
Universidad de Navarra
González-Recio, Oscar
Spain, Madrid
Csic-inia - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria
Jiménez–Clavero, Miguel Ángel
Spain, Madrid
Csic-inia - Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria
Martínez-Cameo, Nieves Felisa
Spain, Zaragoza
Hospital Miguel Servet
Gracia-Grataloup, Yolanda
Spain, Zaragoza
Hospital Miguel Servet
Navarro, Ferran
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Spain, Barcelona
Institut de Recerca Sant Pau ir Sant Pau
Spain, Cerdanyola Del Valles
Universitat Autònoma de Barcelona
Miró, Elisenda
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Spain, Barcelona
Institut de Recerca Sant Pau ir Sant Pau
Roig-Sena, Francisco Javier
Spain, Valencia
Conselleria de Sanitat Universal I Salut Pública
Sanmartín, Isabel
Spain, Madrid
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
García-Souto, Daniel
Spain, Santiago de Compostela
Universidad de Santiago de Compostela
United Kingdom, Hinxton
Wellcome Sanger Institute
Pequeño-Valtierra, Ana
Spain, Santiago de Compostela
Universidad de Santiago de Compostela
Tubío, José Manuel C.
Spain, Santiago de Compostela
Universidad de Santiago de Compostela
Rodriguez-Castro, Jorge
Spain, Santiago de Compostela
Universidad de Santiago de Compostela
Iglesias, M. A.R.
Spain, Cadiz
Hospital Universitario Puerta Del Mar
Spain, Cadiz
Inibica
Spain, Cadiz
Universidad de Cádiz
Galán-Sánchez, Fátima
Spain, Cadiz
Hospital Universitario Puerta Del Mar
Spain, Cadiz
Inibica
Spain, Cadiz
Universidad de Cádiz
Rodríguez-Pallares, Salud
Spain, Cadiz
Hospital Universitario Puerta Del Mar
Spain, Cadiz
Inibica
Azcona-Gutiérrez, José Manuel
Spain, Logrono
Hospital San Pedro
Mayor, A. G.
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Mozambique, Manhica
Centro de Investigação em Saúde de Manhiça Cism
García-Basteiro, Alberto L.
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Mozambique, Manhica
Centro de Investigação em Saúde de Manhiça Cism
Moncunill, Gemma
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Dobaño, Carlota
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Cisteró, Pau
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Mitjà, Oriol
Spain, Badalona
Hospital Universitari Germans Trias I Pujol
Papua new Guinea, Lihir Island
Lihir Medical Centre-international Sos
González-Beiras, Camila
Spain, Badalona
Hospital Universitari Germans Trias I Pujol
Vall-Mayans, Martí
Spain, Badalona
Hospital Universitari Germans Trias I Pujol
Corbacho-Monné, Marc
Spain, Badalona
Hospital Universitari Germans Trias I Pujol
Alemany, Andrea
Spain, Badalona
Hospital Universitari Germans Trias I Pujol
Muñoz-Cuevas, Cristina
Spain, Caceres
Hospital San Pedro de Alcantara
Rodríguez-Rodríguez, Guadalupe
Spain, Caceres
Hospital San Pedro de Alcantara
Benito, R.
Spain, Zaragoza
Universidad de Zaragoza
Spain, Zaragoza
Hospital Clinico Universitario Lozano Blesa
Algarate, S.
Spain, Zaragoza
Hospital Clinico Universitario Lozano Blesa
Bueno, Jessica
Spain, Zaragoza
Hospital Clinico Universitario Lozano Blesa
Vergara-Gómez, Andrea
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Martínez, Miguel J.
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Spain, Barcelona
Universitat de Barcelona
Vila Estapé, Jordi V.Roig
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Rubio, Elisa
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Peiró-Mestres, Aida
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Navero-Castillejos, Jessica
Spain, Barcelona
Instituto de Salud Global de Barcelona
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Valverde, Diana Elizabeth Fernández
Spain, Vigo
Universidade de Vigo
Estévez-Gómez, Nuria
Spain, Vigo
Universidade de Vigo
Fernández-Silva, Iria
Spain, Vigo
Universidade de Vigo
De-Chiara, Loretta
Spain, Vigo
Universidade de Vigo
Gallego-García, Pilar
Spain, Vigo
Universidade de Vigo
García, Federico Alcacer
Spain, Granada
Hospital Universitario San Cecilio
Planas, Anna M.
Spain, Hospitalet de Llobregat
Institut D'investigació Biomedica de Bellvitge
Fernández-Cádenas, Israel
Spain, Barcelona
Hospital de la Santa Creu I Sant Pau
Marcos, María Ángeles
Spain, Barcelona
Hospital Clinic Barcelona
Moreno-Docón, Antonio
Spain, Murcia
Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca
Spain, Murcia
Universidad de Murcia
Dahdouh, Elias A.
Spain, Madrid
Hospital Universitario la Paz
García-Rodríguez, Julio F.
Spain, Madrid
Hospital Universitario la Paz
Galán, Juan Carlos
Spain, Madrid
Hospital Universitario Ramón y Cajal
Rodríguez-Domínguez, Mario José
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Madrid
Hospital Universitario Ramón y Cajal
Spain, Madrid
Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria
Martinez-Garcia, Laura
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Spain, Madrid
Hospital Universitario Ramón y Cajal
Spain, Madrid
Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria
Ponce-Alonso, Manuel
Spain, Madrid
Hospital Universitario Ramón y Cajal
Spain, Madrid
Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria
González-Alba, José María
Spain, Madrid
Hospital Universitario Ramón y Cajal
Spain, Madrid
Instituto Ramón y Cajal de Investigación Sanitaria
Sanz-Muñoz, Iván
Spain, Valladolid
Centro Nacional de Gripe
Martínez-Lirola, Miguel José
Unknown Affiliation
Alcamì, Antonio
Spain, Madrid
Csic-uam - Centro de Biología Molecular Severo Ochoa Cbm
Ramos-Ruíz, Ricardo
Unknown Affiliation
Simón-Soria, Fernando S.
Unknown Affiliation
Coscollá, Mireia
Spain, Madrid
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
González-Candelas, F. Gónzá
Spain, Valencia
Universitat de València
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Comas, Iñaki T.
Spain, Valencia
Csic - Instituto de Biomedicina de Valencia Ibv
Spain, Madrid
Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública
Statistics
Citations: 32
Authors: 114
Affiliations: 78
Identifiers
Doi:
10.1038/s41588-021-00936-6
ISSN:
10614036
Research Areas
Covid
Genetics And Genomics
Sexual And Reproductive Health
Study Design
Cohort Study