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Publication Details
AFRICAN RESEARCH NEXUS
SHINING A SPOTLIGHT ON AFRICAN RESEARCH
general
Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil
Nature Communications, Volume 12, No. 1, Article 2296, Year 2021
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Description
Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses. © 2021, The Author(s).
Available Materials
https://efashare.b-cdn.net/share/pmc/articles/PMC8052316/bin/41467_2021_22607_MOESM1_ESM.docx
https://efashare.b-cdn.net/share/pmc/articles/PMC8052316/bin/41467_2021_22607_MOESM2_ESM.pdf
https://efashare.b-cdn.net/share/pmc/articles/PMC8052316/bin/41467_2021_22607_MOESM3_ESM.xlsx
Authors & Co-Authors
Adelino, Talita Émile Ribeiro
Brazil, Belo Horizonte
Fundacao Ezequiel Dias
Giovanetti, Marta
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Fonseca, Vagner S.
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Xavier, Joilson R.
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Abreu, Álvaro Salgado
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Demarchi, Luiz Henrique Ferraz
Brazil, Campo Grande
Laboratório Central de Saúde Pública de Mato Grosso do Sul
Oliveira, Marluce Aparecida Assunção
Brazil, Belo Horizonte
Fundacao Ezequiel Dias
da Silva, Vinícius Lemes
Brazil, Goiania
Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros
de Mello, Arabela Leal E.Silva
Brazil, Salvador
Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz
Cunha, Gabriel Muricy
Brazil, Salvador
Secretaria da Saúde do Estado da Bahia
De-Oliveira, Elaine Cristina
Brazil, Cuiaba
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso
de Melo Iani, Felipe Campos
Brazil, Belo Horizonte
Fundacao Ezequiel Dias
de Filippis, Ana Maria Bispo
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Abreu, Andre Luiz
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
de Jesus, Ronaldo S.
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
de Albuquerque, Carlos Frederico Campelo
Brazil, Brasilia
Organização Pan-americana da Saúde/organização Mundial da Saúde
Méndez-Rico, Jairo Andrés
Brazil, Brasilia
Organização Pan-americana da Saúde/organização Mundial da Saúde
do Carmo Said, Rodrigo Fabiano
Brazil, Brasilia
Organização Pan-americana da Saúde/organização Mundial da Saúde
de Moura, Noely Fabiana Oliveira
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
Haddad, Simone Kashima
Unknown Affiliation
Barreto, Fernanda Khouri
Brazil, Salvador
Universidade Federal da Bahia
Vázquez, Cynthia Carolina
Paraguay, Asuncion
Laboratorio Central de Salud Pública
Cunha, R.
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Araújo, Emerson Luiz Lima
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
de Oliveira Tosta, Stephane Fraga
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Araújo Fabri, Allison
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Chalhoub, Flávia Löwen Levy
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
da Silva Lemos, Poliana S.
Brazil, Ananindeua
Instituto Evandro Chagas
de Bruycker-Nogueira, Fernanda B.
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Gonçalves, Crhistinne Cavalheiro Maymone
Brazil, Campo Grande
Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul
Slavov, Svetoslav Nanev
Unknown Affiliation
Pereira, Luiz Augusto
Brazil, Goiania
Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros
Mendonça, Ana Flávia
Brazil, Goiania
Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros
Pereira, Felicidade Mota
Brazil, Salvador
Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz
Nogueira, Rita Maria Ribeiro
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Góes-Neto, Aristóteles
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Carvalho Azevedo, Vasco Ariston
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Ramalho, Dario Brock
Unknown Affiliation
de Oliveira, Wanderson Kleber
Unknown Affiliation
Macário, Eduardo Marques
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
de Medeiros, Arnaldo Correia
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
Pimentel, Victor Figueiredo
Portugal, Lisbon
Universidade Nova de Lisboa
Gräf, Tiago
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Navegantes, Wildo Araujo
Brazil, Brasilia
Universidade de Brasília
Duarte, Clara Guerra
Brazil, Belo Horizonte
Fundacao Ezequiel Dias
Pereira, Maira Alves
Brazil, Belo Horizonte
Fundacao Ezequiel Dias
Pauvolid-Corrêa, Alex
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Fritsch, Hegger Machado
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Mares-Guia, Maria Angélica Monteiro De Mello
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Torres, María Celeste
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Lima, Maurício Teixeira
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Sequeira, Patrícia Carvalho
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Almeida Marques, William
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
de Jesus, Jorlan Fernandes
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Naveca, F. G.
Brazil, Manaus
Fiocruz Amazônia
Pinto, Anne Cybelle
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Jaiswal, Arun Kumar
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Lopes, Élisson Nogueira
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
de Souza, Renan Pedra
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Kato, Rodrigo Bentes
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Tiwari, Sandeep
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
da Silva Santos, Beatriz Senra Álvares
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
de Siqueira, Isadora Cristina
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Watanabe, Luiz Takao
Brazil, Cuiaba
Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso
Nardy, Vanessa Brandão
Brazil, Salvador
Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz
Dos Santos, Fabiana Cristina Pereira
Brazil, Cerqueira Cesar
Instituto Adolfo Lutz
Nunes, Márcio Roberto Texeira
Brazil, Ananindeua
Instituto Evandro Chagas
da Silva Salles, Flávia Cristina
Brazil, Sao Paulo
Universidade de São Paulo
Claro, Ingra Morales
Brazil, Sao Paulo
Universidade de São Paulo
de Jesus, Jaqueline Goes
Brazil, Sao Paulo
Universidade de São Paulo
da Silva Cândido, Darlan S.
United Kingdom, Oxford
University of Oxford
Campos, Josefina
Argentina, Buenos Aires
Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas
Figueira, Flávia Figueira
Brazil, Recife
Universidade Federal de Pernambuco
Cruz, Laura Nogueira Da
Brazil, Brasilia
Ministério da Saúde
Orioli, Iêda Maria
Brazil, Rio de Janeiro
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Dos Santos Bezerra, Rafael
Unknown Affiliation
Falcão, Melissa Barreto
Brazil, Feira de Santana
Secretaria de Saúde de Feira de Santana
Carvalho, R. Dias O.
Brazil, Belo Horizonte
Universidade Federal de Minas Gerais
Holmes, Edward C.
Australia, Sydney
The University of Sydney
De Oliveira, Tulio
South Africa, Durban
University of Kwazulu-natal
Lourenço, José M.L.
United Kingdom, Oxford
University of Oxford
Junior Alcantara, Luiz Carlos
Brazil, Rio de Janeiro
Fundacao Oswaldo Cruz
Statistics
Citations: 16
Authors: 82
Affiliations: 38
Identifiers
Doi:
10.1038/s41467-021-22607-0
ISSN:
20411723
Research Areas
Infectious Diseases